El Titular de la Cofradía recibe culto todo el año en su capilla, situada junto al templo castrense de Santo Domingo.
A lo largo del año se celebran en la misma diferentes actos religiosos, si bien los principales actos de culto de los marrajos se celebran en Cuaresma, cuando tiene lugar el Miserere a Jesús Nazareno, una celebración penitencial de origen secular que se realiza el viernes de la tercera semana de Cuaresma y que viene precedida por un Vía Crucis y un Triduo. Tal y como recoge el Canon 12 de los estatutos de la cofradía, la semana de cultos culmina el domingo con la misa de la cofradía.
Junto a los actos de culto al Titular de la Cofradía, cada una de las distintas agrupaciones que integran ésta organizan diversos actos de culto a sus respectivos Titulares.
Vía Crucis
El lunes de la tercera semana de Cuaresma, los Marrajos iniciamos los cultos a Nuestro Padre Jesús Nazareno con la realización de un Vía Crucis en el templo castrense de Santo Domingo, antiguo templo del convento dominico en el que se fundó la cofradía y junto al que se ubica la capilla de nuestro Titular.
Los hermanos de la cofradía se turnan para llevar sobre sus hombros la cruz procesional de la imagen del Nazareno, deteniéndose en cada una de las estaciones que conforman el Vía Crucis.
El Vía Crucis, como forma de orar al tiempo que se conmemora la Pasión tiene su origen en los primeros años del cristianismo, si bien no sería hasta el siglo XV cuando comenzara a conformarse de forma parecida a como hoy lo conocemos. Se popularizaría a partir del XVII, ligado a la orden franciscana.
Aunque una reforma llevada a cabo por el papa Juan Pablo II modificó el número y el contenido de las estaciones del Vía Crucis, el más extendido sigue estando compuesto por catorce. Las siguientes:
Triduo
Tras la celebración del Vía Crucis, entre el martes y el jueves de la semana de cultos cuaresmales, tiene lugar el Triduo a Nuestro Padre Jesús Nazareno.
La oración y el recogimiento, unido a la reflexión del sacerdote, ayuda a preparar espiritualmente a los hermanos de la cofradía para participar de los distintos actos con los que honrar al Titular de los marrajos.
La celebración del Triduo y la configuración actual de los cultos al Nazareno en la tercera semana de Cuaresma, tiene su origen en el último tercio del siglo XX, cuando se sustituyó la Novena a NP Jesús Nazareno que se venía realizando al menos desde finales del siglo XIX, por un Triduo.
La imagen del Titular de los marrajos se encuentra ya en el altar mayor del templo castrense de Santo Domingo, si bien y hasta la finalización del Triduo no se colocará en el altar de cultos que se levanta cada año abarcando la totalidad del presbiterio, y desde el que presidirá el Miserere.
Miserere
Aunque las referencias escritas más antiguas que se conservan sean del siglo XIX, es muy probable que la realización de un acto penitencial en la Cuaresma, centrado en el canto del salmo Miserere al Titular de los Marrajos se remonte mucho más atrás, a los mismos orígenes de la cofradía.
Así, cada año, el viernes de la tercera semana de Cuaresma los marrajos celebran el más importante de sus cultos al Nazareno con la celebración del Miserere.
La imagen del Titular preside el altar mayor de Santo Domingo, y desde su capilla los marrajos parten en procesión claustral precedidos por el estandarte de la cofradía a los sones del "Coro de los Peregrinos", de la ópera Tannhäuser, compuesta en 1845 por Richard Wagner.
Tras situarse frente al presbiterio, tiene lugar la celebración paralitúrgica, con la reflexión del capellán de la cofradía precediendo el canto del Salmo 50 "Miserere".
A lo largo de los años han sido varios los Misereres interpretados, incluso alguno de ellos compuestos especialmente para los marrajos. En las últimas décadas ha sido habitual el canto de un Miserere del siglo XVI, el compuesto por Orlando di Lasso, por la Masa Coral Tomás Luis de Victoria.
A la finalización, y antes del retorno de los hermanos a la capilla de la cofradía nuevamente en procesión claustral, a los sones de la marcha "Nuestro Padre Jesús", compuesta por Emilio Cebrián Ruiz en 1935, el capellán bendice el romero que tradicionalmente irá colocado a los pies de la imagen de Jesús Nazareno en las procesiones del Viernes Santo.
Vigilia de la juventud
La vigilia de la juventud es un acto religioso organizado por los jóvenes de la cofradía que se enmarca en la semana de celebraciones cuaresmales.
En él se trata de reflexionar sobre diferentes aspectos que ayuden al cristiano, en especial al joven, a vivir la Cuaresma intentando transformar su vida siguiendo el ejemplo de Jesús. Para ello se invita a los asistentes a participar activamente a través de diversas dinámicas, teatralizaciones, etc... que les faciliten la reflexión.
Con este fin se usan una gran variedad de recursos como efectos de iluminación, de sonido, músicas ambientales, proyecciones...que permiten al participante adentrarse en un ambiente de oración propicio para la contemplación personal y a la reflexión.
Misa de la cofradía
La semana de cultos de la cofradía finaliza en la mañana del tercer domingo de Cuaresma con la Misa de la Cofradía, en el templo castrense de Santo Domingo.
La imagen de Jesús Nazareno se encuentra en el altar de cultos dispuesto en el presbiterio para el Miserere, y ante la misma, los hermanos de la cofradía participan en la eucaristía dominical como colofón a la semana de cultos. Previamente, la noche anterior, se ha celebrado en Santo Domingo la Vigilia de la Juventud.
Uno de los hechos más llamativos de esta celebración es la participación en la misma de los componentes del tercio de Granaderos, que asiste uniformado y en formación a la celebración de la misa, antes de desfilar en su pasacalles cuaresmal por Cartagena.